AKP, iktidara geldiği 2002 yılında sayıları sadece 21 olan vakıf üniversitesi sayısını meslek yüksekokullarıyla birlikte 76’ya çıkardı. Plansızca açılmasına izin verdiği ve çoğunda mali sıkıntı yaşanan vakıf üniversitelerinin sorunlarına çözüm arayan AKP, yasa değişikliğini gündemine aldı. AKP ve Gelecek Partisi Genel Başkanı Ahmet Davutoğlu arasında polemik yaşanmasına neden olan Bilim ve Sanat Vakfı’nın üniversitesi Şehir Üniversitesi’nin Marmara Üniversitesi’ne devredilmesiyle gündeme gelen vakıf üniversitelerinin mali yapıları, eğitim düzeyleri ve personel politikalarıyla ilgili olarak Cumhurbaşkanlığı temsilcileri, AKP yöneticileri ve hukukçu milletvekillerinin yer aldığı bir komisyonda çalışma başlatıldı. ‘3 YIL VERİLECEK’ YÖK Yasası’nda genel bir değişiklik kapsamında yürütülen çalışmaya göre, vakıf üniversitelerinin eğitim ve personel politikalarıyla ilgili yeni kriterler ve standartlar getirilecek. Mali durumu sıkıntılı olan üniversitelerin, YÖK üzerinden tasfiyesi için yeni bir sistem kurulacak. Kurucu vakfa üniversitenin mali sorunlarını çözmesi için 3 yıllık süre tanınacak. Cumhuriyet'ten Emine Kaplan'ın haberine göre, Bu süre içinde gerekli önlemleri almaması, sorunları çözememesi durumunda bu üniversiteler tasfiye edilecek, öğrencileri garantör üniversitelere nakledilecek. Üniversitelere tahsis edilen devlet taşınmazları Hazine tarafından geri alınacak. Vakıf üniversitelerindeki öğrenci kontenjanı ve öğrencilere verilen burs ve indirimlere standart getirilecek. AKP yöneticileri, vakıf üniversitelerinde pek çok sıkıntı yaşandığını belirterek “Bazı vakıf üniversitelerini kötü niyetle kullananlar var. Bazıları ticari bir müessese olarak görüyor, iş insanı mantığıyla bakıyor, siyaseti de istismar ediyorlar. Toplantılarına siyasetçileri çağırıyorlar, oradan bir fakülte açtırıyor. Öğrenci kaydını yapıyor, eğitim vermeden diploma veriyorlar. Ekonomik dengeyi sağlayamıyorlar. Bazıları eski milletvekilini rektör yapıyor, siyasi bağlantıları kullanarak iş yürütmeye çalışıyor” görüşünü dile getiriyor.