Pelikan grubu AKP içerisinde de tartışmalara sebep oldu. Parti kulislerinde AKP’yi tamamen Pelikan yapılanmasının yönetmesinden ve söz konusu yapının devlet içerisinde de etkili olmaya başladığından şikâyet edildiği öğrenildi. AKP’li bir yetkili ise, “Erdoğan bir gün ‘Pelikan da beni kandırdı’ diyebilir” ifadesini kullandı. Yeniçağ gazetesinden Fatih Ergin’in haberine göre AKP’de “Pelkan rahatsızlığı” ortaya çıktı. Muhalefetin sert açıklamalarla hedef aldığı AKP içerisindeki Pelikan adıyla bilinen yapının iktidar partisinde de rahatsızlık yarattığı öğrenildi. Pelikan grubundan duyulan rahatsızlığın parti kulislerine yansıdığı ve AKP’nin atacağı adımların belirlenmesinde tamamen bu yapının etkili olmasından şikâyet edildiği belirtildi. Diğer yandan, AKP’de yeni partilerin kurulmasından dolayı rahatsızlık yaşanırken, konu ile ilgili yapılan özeleştirilerde de Pelikan’ın bu süreci tetiklediği için hedefe konulduğu belirtiliyor. Ali Babacan’ın partisini kurmadan önce sosyal medyadan yayınladığı ilk videosunda “dar bir ekiple ve aile içinde yönetilen anlayışla” ifadesini kullanması ise, AKP kulislerinde Pelikan’a gönderme şeklinde yorumlandığı öğrenildi.Edinilen bilgilere göre, AKP’nin karar mekanizmalarının söz konusu yapı nedeniyle işlevsiz kaldığı belirtilirken, Pelikan’ın partinin yanında devlet kurumlarını da yönetmeye başladığı kaydedildi. “ERDOĞAN BİR GÜN ‘PELİKAN DA BENİ KANDIRDI’ DİYEBİLİR” AKP’li yetkili bir isim ise, “Adeta yeni bir paralel yapı ile karşı karşıyayız. Pelikancılar hem AK Parti’yi hem de Cumhurbaşkanı’nın etrafını sarmış bir durumdalar. Partideki yetkili organların üstünde gayrı resmi bir karar organı gibiler. En önemli kararlar bu yeni nesil paralel yapı tarafından alınıyor. Kendileri için tehlikeli gördükleri ya da duruşunu beğenmedikleri isimleri pasifize etmeye veya parti dışına itmeye çalışıyorlar.” dedi. AKP’de genel başkan yardımcılarının ve bazı bakanların da Pelikan’ın yörüngesinde hareket etmek zorunda kaldığını belirten partili kaynak, sözlerini şöyle sürdürdü; “Pelikan medyada büyük bir güce sahip. Bu gücü kullanarak rahatsız oldukları partili bir ismi hedefe koyabiliyorlar. Bundan dolayı birçok isim Pelikan’dan çekiniyor. Bazı isimler ise Pelikan medyasının desteğini alabilmek için bu yapıdan yana tavır koyuyor. 18 yıldır iktidarda olan AK Parti gibi bir partinin içerisinden iki tane yeni parti doğmuşsa ve bu partiler az ya da çok tabanımızda karşılık bulmuşsa, bu Pelikan’ın eseridir. Cumhurbaşkanımız Erdoğan bir gün ‘Pelikan da beni kandırdı’ diyebilir.”